Los objetivos del Instituto son:

- Desarrollar proyectos de investigación básica y aplicada para la pequeña agricultura y grupos organizados.
- Generar conocimiento científico en cadenas productivas que contribuyen a la mejora de las condiciones de vida de los productores, de la comunidad en general.
- Promover y fortalecer la pequeña agricultura con énfasis en la economía circular, soberanía alimentaria y equidad de género.
- Consolidar las líneas de investigación relacionadas con la agroexportación, fortalecimiento de cadenas de valor.
- Promover alianzas estratégicas con otras entidades académicas como Universidad, Institutos, Cooperativas,
- Establecer redes de colaboración con instituciones académicas, estado peruano, tanto a nivel nacional y extranjero.
- Promover la equidad de genera en las investigaciones y/o actividades brindando especial apoyo a mujeres y jóvenes
